科技部总体部署建设创新型科技园区的方针、政策，科技部火炬高技术产业开发中心负责具体工作的组织实施。
开展创新型科技园区建设工作的国家高新区，建议成立由所在地市人民政府有关领导和省（直辖市、自治区）级科技主管部门牵头、相关部门参与的领导小组，其主要职责是：研究起草“创新型科技园区建设方案；出台新的支持建设创新型科技园区的地方性政策和配套措施；针对建设创新型科技园区的要求，调整和制定对国家高新区管委会的考核标准等。
国家高新区管委会在领导小组和有关部门的支持下，负责具体执行“创新型科技园区建设方案”。 1、工作启动
2008年5月。科技部发布《创新型科技园区建设指南》，并对国家高新区建设创新型科技园区的导向和内涵等进行辅导，正式启动创新型科技园区建设工作，各建设园区按照《创新型科技园区建设指南》的目标、任务、重点工作及程序推进创新型园区的建设。
2、中期考核
2012年5月起，科技部将对建设园区进行中期考核，检查和督导政策措施的执行情况，进行总结评价。根据评价结果，选择调整创新型科技园区建设工作的政策措施，对建设园区进行统一的政策引导。
3、工作验收
2015年5月起，科技部将根据《创新型科技园区建设指南》和“创新型科技园区建设方案”对各建设园区的工作完成情况进行验收。 1、制定方案。
自《创新型科技园区建设指南》正式发布日起，开展创新型科技园区建设工作的国家高新区，应在领导小组的指导下，针对创新型科技园区的建设目标、主要任务和重点工作，全面分析本高新区现状和发展战略，诊断影响未来发展的瓶颈，研究制定建设创新型科技园区的初步方案。该方案主要包括以下内容：
（1）园区发展的现状及建设创新型科技园区的基础与条件；
（2）园区发展的需求与瓶颈；
（3）建设创新型科技园区的目标定位与建设思路；
（4）建设创新型科技园区的主要任务 ’
（5）建设创新型科技园区的主要政策与措施；
（6）对高新区管委会的考核标准。
2、方案论证
科技部将邀请有关部门领导和专家对初步方案进行论证，提出意见和建议。国家高新区应认真研究所提出的意见和建议，对初步方案进行修改、补充和完善，并报经领导小组讨论通过，形成“创新型科技园区建设方案”。
3、方案报送
“创新型科技园区建设方案”，由国家高新区所在市人民政府会同省（直辖市、自治区）级科技主管部门报送科技部。
对认识到位、理念到位、措施到位、行动到位、工作扎实并基本具备相关条件的国家高新区，科技部将发文批准“创新型科技园区建设方案”，启动并开展创新型科技园区建设工作。
4、跟踪考核
结合年度评价，科技部对建设园区进行跟踪考核，及时发现问问题，改进工作，完善相关政策措施，确保“创新型科技园区建设方案”的实施和落实。
5、验收认定
对达到《创新型科技园区建设指南》和“创新型科技园区建设方案”中发展目标和任务要求的建设园区，科技部将对建设工作进行验收，经验收合格的建设园区由科技部发文确认为“开展创新型科技园区建设工作的示范园区”。
