主要区别有，性质不同、来源不同、主要成分不同、主要用途不同，具体如下：
一、性质不同
1、朱砂
又称辰砂、丹砂、赤丹、汞沙，是硫化汞矿物。
2、红珊瑚
又称牛血珊瑚、火珊瑚，属于有机宝石。
二、来源不同
1、朱砂
仅产于火山岩、热泉沉积物、低温热液矿床、断层角砾白云岩晶洞中，常与石英、雄黄、雌黄、方解石、辉锑矿、黄铁矿、白玺石等共生。
2、红珊瑚
天然红珊瑚是由珊瑚虫堆积而成，生长于远离人类的100至2000米的深海中，与珍珠、琥珀并列为三大有机宝石。生长极缓慢，不可再生，而红珊瑚只生长在几个海峡（台湾海峡、日本海峡、波罗地海峡、地中海），受到海域的限制，所以红珊瑚极为珍贵。
三、主要成分不同
1、朱砂
化学成分为硫化汞，含Hg86.2%，常含有粘土、氧化铁、地沥青等杂质。
2、红珊瑚
红珊瑚由无机质和有机质两部分组成。无机质：高镁方解石、少量磷灰石，碳酸钙，碳酸镁，少量水，氧化亚铁，羟基磷酸钙。有机质：以角质为主。
四、主要用途不同
1、朱砂
是提炼汞的最主要的矿物原料。中医利用辰砂作为安神、定惊的药物，辰砂的单晶可以作为激光调制晶体，是现代激光技术的关键材料之一。
2、红珊瑚
主要应用于装饰品，红珊瑚制成的饰品，极受收藏者的喜爱。另外红珊瑚还具有药用价值。
参考资料来源：百度百科-朱砂
参考资料来源：百度百科-红珊瑚
