合作医疗和医保的主要区别包括：二者所覆盖的对象不同；二者缴费主体不同；二者缴费方式不同；二者报销比例不同；二者缴费标准不同。
合作医疗和医保的区别：
1、二者所覆盖的对象不同
农村合作医疗保险：只有农村户口的人才能够办理农村合作医疗保险，其他非农户口不能办理；
职工医保：城镇所有用人单位及其职工都要参加，用人单位包括企业：国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等；用人单位另外还包括机关、失业单位、社会团体、民办非企业单位。而对于乡镇企业及其职工、城镇个人经济组织业主及其从业人员需不需要办理职工医保，那么就需要当地的政府机构来决定了。
2、二者缴费主体不同
农村合作医疗保险：缴费主体是农民个人、集体和政府，通过三方面筹资来保障这份保险能够为农民百姓提供医疗保障；
职工医保：缴费主体是劳动者和用人单位，通过这两方面筹资来保障这份保险能够为劳动者提供医疗保障；
3、二者缴费方式不同
农村合作医疗保险：农民自愿参加即可，没有强制性，需要这份保险保障就参加，不需要即可不参加，只是要参加的话必须以家庭为单位整户参加，而且每年都要办理参保缴费手续，并不是参保一次之后只要缴费就可以。
职工医保：对于用人单位来说，它具有强制性，就是用人单位必须要为自己的员工办理职工医保，而且缴纳的话，要达到一定的年限才可以，不过只要第一次参保了之后，以后的费用都会通过工资直接扣除，由单位和个人共同承担支付。
4、二者报销比例不同
农村合作医疗保险：参保者没有个人账户，报销比例相对于职工医保来说要低一些，限额较低，因为是一年一参合，参合本年度享受报销；
职工医保：参保者拥有个人账户，定期都会有费用划入到个人账户里，而且报销比例比较高，虽然说有起付标准，但是它的报销最高限额比较高，医疗费也不封顶。只要参保人员完成了规定的缴费年限后，就可以享受到终身医疗保险待遇。
5、二者缴费标准不同
农村合作医疗保险：它的缴费标准有好几种情况，分为100元、200元、300元、400元、500元不等，每个地方都有各自的缴费标准，需要结合当地的缴费标准来选择。
职工医保：它的缴费标准与参保者的工资有关，按照相关规定的比例标准进行缴纳，一般来说，个人需要承担20%，单位需要承担80%，单位要缴的多，职工医保缴费标准要比农村合作医疗保险高。
