新农合基金应按照《新型农村合作医疗基金财务制度》和新农合其他相关制度规定的项目和标准执行，只能用于参合农民医药费用的补偿，不得用于经办机构工作经费等。
新农合当年筹集的基金与历年结余统筹基金全部纳入当年统筹基金预算，其使用范围划分为以下三个部分：
(一)风险基金。
风险基金分年度从新型农村合作医疗基金中按比例提取。风险基金总体规模应保持在当年统筹基金总额的10%，风险基金占当年统筹基金总额的比例达不到10%的应补充提取，达到10%的不得再继续提取。
(二)门诊统筹基金。
门诊统筹基金按当年筹集基金总额扣除上缴风险基金后的20%提取，主要用于普通门诊医疗费用、慢性病和特殊病种门诊大额补偿和门诊一般诊疗费支付。
参合农民在定点乡镇卫生院和社区卫生服务中心(站)发生的一般诊疗费，新农合基金支付统一确定为每人次10元标准核算，全部纳入补偿范围;在定点村卫生室发生的一般诊疗费，新农合基金支付统一确定为每人次4。5元标准核算，全部纳入补偿范围。一般诊疗费支付基金实行总额预付，按定点医疗机构上一年度门诊人次乘以一般诊疗费的人均报销标准，并结合当地实际，适度考虑增减因素，以“总额预算、分期支付”的办法支付。
(三)住院统筹基金。
住院统筹基金用于参合农村居民住院补偿。开展支付方式改革试点的地区，可按上一年度定点医疗机构的实际发生情况，并结合新农合筹资标准、补偿标准等因素综合确定预算额度。
