医疗保险结算程序住院及特殊病种门诊治疗的结算程序定点医疗机构于每月10日前，将上月出院患者的费用结算单、住院结算单及有关资料报医疗保险经办机构，医疗保险经办机构审核后，作为每月预拨及年终决算的依据。
医疗保险经办机构每月预拨上月的住院及特殊病种门诊治疗的统筹费用。
经认定患有特殊疾病的参保人员应到劳动保障部门指定的一家定点医疗机构就医购药，发生的医药费用直接记帐，即时结算。
急诊结算程序参保人员因急诊抢救到市内非定点的医疗机构及异地医疗机构住院治疗，发生的医疗费用，先由个人或单位垫付，急诊抢救终结后，凭医院急诊病历、检查、化验报告单、发票、详细的医疗收费清单等到医疗保险经办机构按规定办理报销手续。
异地安置人员结算程序：
1．异地安置异地工作人员由其所在单位为其指定1-2所居住地定点医疗机构，并报医疗保险经办机构备案。
2．异地安置异地工作人员患病在居住地定点医疗机构就诊所发生的医疗费用，由本人或所在单位先行垫付，治疗结束后，由所在单位持参保人员医疗证及病历、有效费相关书籍用票据、复式处方、住院费用清单等在规定日期到社会医疗保险经办机构进行结算。转诊转院结算：
1．参保人员因定点医疗机构条件所限或因专科疾病转往其它医疗机构诊断治疗的，需填写转诊转院审批表。由经治医师提出转诊转院理由，科主任提出转诊转院意见，医疗机构医保办审核，分管院长签字，报市医保中心审批后，方可转院。
2．转诊转院原则上先市内后市外、先省内后省外。市内转诊转院规定在定点医疗机构间进行。市外转诊转院须由本市三级以上定点医疗机构提出。
3．参保人员转诊转院后发生的医疗费用，由个人或单位先用现金垫付，医疗终结后，由参保人或其代理人持转诊转院审批表、病历证书、处方及有效单据，到医保经办机构报销属于统筹基金支付范围的住院费用。