新农合报销流程：
报销所需资料 ：
1.门诊报销携带资料：门诊发票、合作医疗证历本（或病历）。
2.住院报销携带资料：住院发票、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结、其它有关证明。
3.门诊特殊病报销携带资料：门诊发票、特殊病种合作医疗证历本。
4.办理特殊病种携带资料：特殊病种门诊治疗建议书，合作医疗证历本、病历、有关化验报告单、照片二张。
报销流程：
1.参保户将报销所需资料备齐后交村（社区）合作医疗联络员由村（社区）合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。新型农村合作医疗报账指南 。
2.医院直接报账：因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。
县里合作医疗报销归那个部门管？
一、新型农村合作医疗参保患者须凭本人医疗卡、本人有效身份证(无身份证的凭户口簿)，经确认身份后，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销，在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结帐时直接刷卡报销。
二、在市外二级及二级以上公立医疗机构医院住院治疗的参保患者，应在出院后三个月内，由参保人或其家属带医药费用原始发票(复印件无效)、住院医药费用汇总明细清单、出院小结及门诊病历、患者身份证、医疗卡、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
三、特殊病种门诊报销可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及有关检查、化验报告等相关资料及医疗机构证明书，以及《黄岩区新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经区新农合办审核批准后，其门诊医药费用(不包括支持疗法、辅助治疗或治疗其他疾病的医药费用)可以列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位报销。
四、因意外伤害的住院患者，出院后还需提交由户口所在村(居)签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。对于无法提供有效证明及记录的，不予受理。报销周期为经区行政服务中心一楼新农合窗口受理起30个工作日内完成，经新农合业管中心稽查人员调查、审核，属实后予以报销;责任由第三方负责的，不予报销;住院患者自己也承担部分责任的，凭协议书或相关证明到区行政服务中心一楼新农合窗口报销自己承担部分的医药费用。