新农合是出院后报销，新农合报销流程：
报销所需资料 ：
1.门诊报销携带资料：门诊发票、合作医疗证历本（或病历）。
2.住院报销携带资料：住院发票、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结、其它有关证明。
3.门诊特殊病报销携带资料：门诊发票、特殊病种合作医疗证历本。
4.办理特殊病种携带资料：特殊病种门诊治疗建议书，合作医疗证历本、病历、有关化验报告单、照片二张。
报销流程：
1.参保户将报销所需资料备齐后交村（社区）合作医疗联络员由村（社区）合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。新型农村合作医疗报账指南 。
2.医院直接报账：因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。
医疗保险赔付的相关流程及时间
医疗保险指通过国家立法，按照强制性社会保险原则基本医疗保险费应由用人单位和职工个人按时足额缴纳。
一、医疗保险的结算程序：
(一)住院及特殊病种门诊治疗的结算程序
定点医疗机构于每月10日前，将上月出院患者的费用结算单、住院结算单及有关资料报医疗保险经办机构，医疗保险经办机构审核后，作为每月预拨及年终决算的依据。医疗保险经办机构每月预拨上月的住院及特殊病种门诊治疗的统筹费用。
经认定患有特殊疾病的参保人员应到劳动保障部门指定的一家定点医疗机构就医购药，发生的医药费用直接记帐，即时结算。
(二)急诊结算程序
参保人员因急诊抢救到市内非定点的医疗机构及异地医疗机构住院治疗，发生的医疗费用，先由个人或单位垫付，急诊抢救终结后，凭医院急诊病历、检查、化验报告单、发票、详细的医疗收费清单等到医疗保险经办机构按规定办理报销手续。
(三)异地安置人员结算程序
1.异地安置异地工作人员由其所在单位为其指定1-2所居住地定点医疗机构，并报医疗保险经办机构备案。
2.异地安置异地工作人员患病在居住地定点医疗机构就诊所发生的医疗费用，由本人或所在单位先行垫付，治疗结束后，由所在单位持参保人员医疗证及病历、有效费用票据、复式处方、住院费用清单等在规定日期到社会医疗保险经办机构进行结算。
(四)转诊转院结算
1.参保人员因定点医疗机构条件所限或因专科疾病转往其它医疗机构诊断治疗的，需填写转诊转院审批表。由经治医师提出转诊转院理由，科主任提出转诊转院意见，医疗机构医保办审核，分管院长签字，报市医保中心审批后，方可转院。
2.转诊转院原则上先市内后市外、先省内后省外。市内转诊转院规定在定点医疗机构间进行。市外转诊转院须由本市三级以上定点医疗机构提出。
3.参保人员转诊转院后发生的医疗费用，由个人或单位先用现金垫付，医疗终结后，由参保人或其代理人持转诊转院审批表、病历证书、处方及有效单据，到医保经办机构报销属于统筹基金支付范围的住院费用。
二、医疗保险的报销流程及时间：
凡参合对象，报销流程如下：
(一)参合农民持《新农合证》在定点机构门诊治疗，由定点医疗机构按《新农合证》家庭门诊帐户诊帐户现有的金额直接减免医药费用，超出部由参合农民自付。定点医疗机构应及时与农医所进行结算。
参合农民在市、县、乡定点医疗机构住院治疗的，由该定点医疗机构进行直补。由定点医疗机构对其发生的医药费用进行审核，按实施办法规定标准垫付应补助金额。
(二)参合农民在省级定点医疗机构和非定点医疗机构住院治疗的，一律到乡镇农医所补偿。其住院医疗费用一次性在2000元以下(含2000元)的由乡(镇)农医所审核报销，2000元以上或对住院资料有疑问的由乡(镇)农医所审核后交县农医局复核批准后方可报销。
(一)申领补偿时，需带身份证、户口本、《新农合证》(此三证原件审核后复印存底)医疗机构的有效住院发票、出院小结(或病历)、费用清单和转诊证明。
(二)患门诊大病(慢性病)的参合农民在规定时间(一般在每年7月和12月份)，需带身份证、户口本、《新农合证》、门诊发票及清单、门诊病历、检查报告、二级甲等以上医院或专科医院的门诊大病(慢性病)证明到乡(镇)农医所办理。
(三)对已参加了商业保险的参合农民和参加了学生医疗保险的在校学生，出院后既要商业保险赔付又要新农合补偿时，参合农民应先将住院发票原件和发票复印件先交农医所或县级定点医疗机构核对后予以补偿，再将住院发票原件到商业保险公司赔付。发票复印件由农医所或县级定点医疗机构保存，但外伤病人只能原件报销(学生除外)。
(四)住院费用实行限时报结制度，出院后三个月内可随时办理补偿结算手续，超过三个月的视为自行放弃补偿(外出务工者可延迟到年底)。农医所按实施办法规定标准应补偿的金额在10个工作日内支付给参合农民。