毫无疑问，肯定是选择乡镇中学校长。以下为具体分析
一、从行政级别来说，乡镇中学校长与教育局科长一样
乡镇中学校长行政级别，原则上属于正股级，只有少数县市重点中学属于副科级。县教育局科长，名称虽然好听，其实就是一个正股级干部，最正确的称谓是股长。因此，乡镇中学校长与教育局股长级别都是正股级，去哪儿都一样，级别都没有差别。
二、从职权范围来说，乡镇中学校长远远好于教育局股长
乡镇中学校长，属于实打实的一把手，掌握着上百万、千万的经费，管理着上百号人，集人事权、财政权、行政权、管理权一身，在学校拥有至高无上的权利。打个比方说，小孩想上该学校，找到校长就OK了；本校教师想要晋升职称，没有校长点头，几乎是不可能的；等等。
而教育局的股长，属于单位中层干部，主办的只是某一条块业务，没有决策权和决定权，很多重大事项连参与权都没有，更别说财务和人事决定权了。说白了，教育局长放点权利，教育局股长有点地位，教育局长不放权不点头，教育局股长就是一个干活的，什么都不是。
三、从工资待遇来说，乡镇中学校长也不比教育局股长差
乡镇中学校长，大多都具有副高以上职称，工资待遇大概与公务员正科级相当。而教育局股长本质上还属于科员待遇，工资待遇自然而然比不上副高级以上中学校长。
乡镇中学校长，即使不是副高职称，只是一般的一级教师，工资待遇也比教育局股长高。这个差别，主要体现在年终绩效上，学校校长、副校长等高层管理人员的绩效奖肯定在该校属于顶级行列。
三、从职级晋升来说，乡镇中学校长好于教育局股长
乡镇中学校长，可以优先晋升副高职称、正高职称，从而享受处级待遇，退休后领取实打实的养老金。特别是教育局的一般公务员，没有职称，到了中学当校长后，要不了几年就可以晋升为副高职称。另外，乡镇中学校长干好了，可以提拔到教育局当副局长，还可以提拔为乡镇党委委员或副镇长。我们市瞎县区这几年，就有不少乡镇中学校长提拔为教育局副局长，或者为副镇长。
教育局的股长，往上一级是副科级，虽说只有一级，但很多人无法达到。在县直机关单位，很多人在股长位置上干了一辈子，最后还是股长。
综上，无论是考虑到职级职称晋升，还是职权范围和社会地位，都可以到乡镇当中学校长。当然，无论是那个单位，一把手的责任都很大，别是乡镇，更是具有很强的挑战性。
两个职位各有优缺点，整体上校长更占优势，这点从教育局的很多中层想去学校当校长，而校长很少愿意回教育局当中层就可以得到印证。当然，回教育局当领导另当别论。
首先要指出一个错误。县教育局作为正科级单位，其内设机构属于县里自定的股级单位，因此在内设机构设置上一般很少设科长职位，所谓的科长正确的称呼应该是股长。教育局的股长试用的是行政编制即公务员，而中学校长是事业编，普遍认为公务员好于事业编，为什么说教育局股长反而愿意去当学校的校长？
道理很简单：宁为鸡头不做凤尾。教育局的股长听起来像个领导，实际上在局里就是办事情，要人没人，要权没权，是典型的吃力不讨好的职位。股长最大的诉求也是他们工作的动力是晋升副局长。在县一级，当个副局长不是容易的事，不仅意味着工资待遇的提升，更代表着权力和地位，况且还是在教育局这样的大局，副局长的含金量可想而知。问题是，教育局股长中有几个能当上副局长？恐怕几年出不了一个。所以多数股长干一辈子可能就是股长，最多职级并行拿个副科待遇，这与在学校当校长的待遇可是天壤之别。
在学校当校长，可以“双肩挑”，干着行政职务拿职称工资。而学校的校长因为有教学成果，全校的成绩都可以算到他头上，在职称评聘上一般有优先权，正常来说拿个副高、正高不是问题，工资标准比对行政副处、正处，首先在工资待遇方面就比教育局的中层更有优势。
再看绩效奖励。事业编有30%的绩效工资返还，有的还比对公务员设置增量绩效，不管哪种形式，毫无疑问校长拿的都是学校的最高等。如果学校教学成绩出色，还有各类的教学奖励，分配下来校长也是最高比例，诸如此类的收入加起来，实际上年终绩效要比在教育局当个股长实惠得多。综合工资福利及绩效奖励，在收入这方面，教育局股长虽有公务员身份加持，其实远不及学校校长，哪怕是乡镇镇中的校长。
更何况，校长怎么说都是一校之长，学校的人、财、物管理权集于一身在学校范围内可以说是说一不二，其实更有当领导的感觉。走出去，因为有校长光环，在我们尊师重教的大环境下，不管是普通老百姓，还是体制内人员，都对校长尊重有加，校长的影响力和社会地位也不亚于教育局的中层股长。
事实上，随着各地对专业技术人才的重视，校长兼具专业特长和管理经验于一身，在提拔晋升上也不逊于教育局中层股长。现实中，有太多中小学的校长被提拔为县教育局副局长，有的校长还不想干。反过来，县教育局中层股长直接晋升副局长的机会倒不多，在看不到前途的前提下，很多股长其实倒挺愿意去当学校的校长。两个岗位孰优孰劣、孰好孰差可见一斑。